بعد از مرگ هارون يک دوره‏ی جديدی آغاز شد و آن دوره‏ی اختلافات داخلی در ميان مدعيان حکومت و خلافت بود از يک طرف پسر هارون امين، از يک طرف پسر ديگرش مأمون، پنج سال اينها با هم جنگيدند. بعد از آنکه امين به دست مأمون کشته شد و از بين رفت برادر هارون ابراهيم ابن مهدی مدعی خلافت شد يک مدتی هم آنها با همديگر جنگيدند بالاخره مأمون بر همه‏ی رقبای خودش غالب شد. در اين پنج سالی که اختلافهای داخلی بود، علی ابن موسی الرضا مثل همان چيزی که انسان از يک مؤمن الهی و از يک بنده‏ی صالح خدا انتظار دارد از فرصت‏ها استفاده کرد برنامه ريزی کرد، تبليغ کرد، مردم را دعوت کرد، شيعيان را متشکل کرد،